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SOLUTION · 医药研发

活性试验数据结构化

把散落在专利、文献与内部实验记录里的活性数据,连同它的试验条件一起抽出来,整理成可比对、可训练的结构化数据集。难点不在把数字抄下来,而在让每个数字都带着它的语境,否则数值之间根本不可比。

§ 01

这类任务难在哪

三个容易被低估的坑

一、单位与量纲不统一

活性浓度常用 nM、µM、µg·mL⁻¹ 等多种单位表达,同一篇文献内部也可能混用。从质量浓度换算到摩尔浓度需要分子量,而分子量往往要去另一张表或另一篇文献里找——链条一断,数值就悬空了。

如果只把数字抽走、不留原始单位和换算依据,这批数据在下游基本无法复核。

二、指标类型被混为一谈

IC50、EC50、Ki、Kd 不是同一个量,测定原理和适用场景都不同。把它们统一成一个「活性值」,看似整洁,实则让模型学到一个混合了多种物理含义的目标,训练出的结果难以解释。

三、试验条件决定可比性

同样一个 IC50,在细胞系、温度、孵育时间、底物浓度不同的两组实验之间并不可比。条件缺失时,这个数值依然是「真」的,但没有比较意义。

所以结构化时必须把条件一起带上:数值 + 单位 + 指标类型 + 试验对象 + 试验条件,少任何一项,这个数据点在下游都要打折扣。

还有一个更隐蔽的问题

图表里的活性数据。曲线拟合得到的点位需要人工核对,而图像分辨率本身限制了精度上限。这类数据不是不能提,而是必须与正文表格里的明确数值区分对待。

§ 02

我们处理的范围

按数据形态与字段划分
数值侧VALUES
  • 测试物质与其标识(名称、研发代码、缩写)
  • 活性指标类型:IC50 / EC50 / Ki / Kd / MIC 等
  • 原始数值与原始单位,含范围值与不等式(>、<)
  • 换算数值与换算依据
PK/PD单位归一范围值
语境侧CONTEXT
  • 试验对象:靶点、细胞系、菌株、动物模型
  • 试验方法类型与关键条件参数
  • 结论性描述与数值的对应关系
  • 出处定位:文献、专利或实验记录的页码与表格号
靶点关联细胞系溯源定位

表格形态、正文叙述形态与图表形态都能处理,但三者的处理路径不同:表格按列映射做结构化,正文叙述需要先识别「物质—指标—数值—条件」的句子结构,图表则要走人工核对流程。

§ 03

交付流程

四步一线 · 全程留痕
STEP 01
Schema 共建
与算法团队定义字段、类型、粒度、边界
STEP 02
AI 预标注
模型出初稿,专家在初稿上修改
STEP 03
专家精修
药学与生物背景专家逐条核对数值与条件
STEP 04
三级质检
Agent 检测、团队复核、专家仲裁
§ 04

交付物

拿到的不是一份标注结果
  • 结构化数据集:JSON / CSV / Excel,字段与 Schema 一一对应;可关联化合物 SMILES / InChI 标识
  • 标注规范文档:字段定义、边界案例、验收标准
  • 质检报告:抽检比例、错误分类、返修记录
  • 溯源日志:每条数据对应出处位置、标注人、修改时间
§ 05

相关案例

真实交付场景
活性试验数据结构化CASE 02

测试物质、活性指标、数值单位、试验对象与方法的结构化抽取,覆盖医药研发领域的专利与文献数据。

PK/PD表格抽取单位归一
§ 06

常见问题

合作前常被问到的问题

同一批数据里单位不统一,怎么处理?

原始数值与原始单位原样保留,换算后的数值另立字段,并记录换算依据(例如所用的分子量及其来源)。不覆盖原始值,下游可以自行复核换算是否正确。

IC50、EC50、Ki、Kd 会分开标注吗?

会。指标类型是独立字段,不与数值混在一起。这几个量含义不同、不可互换,混用会让下游模型学到错误的目标,因此我们不做「统一成一个活性值」的归一。

缺少试验条件的活性值怎么办?

照实记录为条件不完整,不做补全。细胞系、温度、孵育时间等条件缺失时,该数值失去可比性——标注出来,比填补一个看起来合理的值更有价值。

图表里的数据能提取吗?

可以,但精度受图像分辨率限制。这类结果会带置信标记并由人工复核,不会与正文表格中的明确数值按同一标准处理。

输出是什么格式?

以 JSON / CSV / Excel 交付,字段与共建的 Schema 一一对应;涉及化合物时关联 SMILES / InChI 标识,便于与结构数据合并使用。

§ 07

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活性数据要和化合物对上,先得把结构图变成机器可读的结构。

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